蔡元培自号为民友，意思是老百姓的朋友。再后来，改号为孑民，意思是“遗留下来的老百姓”。《诗经》中的《云汉》说：“周余黎民，靡有孑遗。”讲周朝剩余的老百姓，没有一个存留。蔡元培自号为孑民，是说人民杀不绝、除不尽，含有反对清王朝专制统治的意思。

当时，鸦片战争的失败及随后一系列不平等条约的签订，西方的坚船利炮已然敲开了中国封闭的国门，西学随之传入。教育上使用了一千三百年的科举制度也快走到了尽头，蔡元培赶上了科举制度的尾巴，并取得翰林的头衔。科举致仕后的蔡元培已经是“声闻当代，朝野争相结纳”的名人士大夫了，诱人的政治前景在向他招手。

1894年，中日甲午战争的爆发，接踵而来的《马关条约》，割地赔款，丧权辱国，蔡元培悲愤交加，追随翰林院讲学士文廷式上奏光绪帝，要求联合英、德抵御日本人。两年后，德国人又占领了胶州湾。他感到，要想挽救国家，已经不能依靠那个给予他功名然而却腐败无能的清政府，必须向西方先进国家学习救国救民的道理。

为了了解世界，他开始学习日文、英文、法文、拉丁文、电学、化学、数学、生物等。蔡元培的路，已经离传统读书人从翰林而伴君侧越来越远了。

通过广泛阅读新书新报，更进一步了解西方的政治文明和科技文化，蔡元培真切看到清政府的颓废，已不足恃。自此，蔡元培怀抱“志以教育挽彼沦胥”的信念，踏上教育救国的漫漫征途。1898年他以翰林身份翩然出京，立志兴办教育，任绍兴中西学堂监督，提倡新学。1901年到上海，代理澄衷学堂校长；同年9月，又被聘为南洋公学经济特科班总教习。后任爱国女校校长，又兼中国教育会会长。1902年，在上海创设爱国学社。1903年创办《俄国警闻》 (后改《警钟日报》)，揭露沙俄侵略我国东三省。

1904年，蔡元培与江浙志士在上海创立光复会，并被推为会长。以翰林弃官而闹革命，蔡元培还是第一人。1905年孙中山、黄兴、陈天华等人在日本成立同盟会，鉴于蔡元培的影响力，任命他为同盟会上海分会会长。蔡元培一时成了“双料”会员。1907年5月，蔡元培赴德国留学，继续寻找教育救国的良方。1912年1月，蔡元培以同盟会元老的身份，在南京出任中华民国临时政府教育总长一职。

鲁迅、蒋维乔、许寿裳、王云五等能人志士便是这个时候被蔡元培发现，并请进教育部的。就职教育总长的半年时间里，蔡元培扎扎实实地对教育界进行了除旧布新、大刀阔斧的改革。他提出了“五育”（军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育、美感教育）并举的教育方针和“尚自然”、“展个性”的儿童教育主张。

不久以后，袁世凯窃取了辛亥革命的果实，因愤懑袁世凯的专制独裁，蔡元培断然辞职。1913年3月，袁世凯派人刺杀了革命党人宋教仁，孙中山决心与袁世凯决裂，便召正在德国留学的蔡元培回国一同斗争。在第二次讨袁革命失败后，蔡元培带着家眷去了法国。

在法期间，蔡元培与李石曾、吴玉章、吴稚晖等人一起，发起了“留法勤工俭学”，从而揭开近代中国留学史上别具风采的一章，他本人也以崇高的声望和教育家的务实精神，成为旅法学界的一面旗帜。后又发起组织留法运动的权威组织“华法教育会”，并担任中方会长，保护在法华工的权益。

1916年9月，身在法国游学的蔡元培，收到时任民国政府教育部长的范源濂发来的电报：聘请他担任北京大学校长。那时北大校内派系纷争，不论学术成就多高的校长，都像走马观花般不停地更换。里面的学子也多是“富二代”和“官二代”，平日的爱好就是抽大烟、打麻将、逛戏园、抄讲义，浸淫于一种整体性的堕落之中。好友纷纷相劝，“北大已经烂到流脓，若不能整顿，反而污了自己的名声。”急国家之教育的蔡元培执意前往：“我不下地狱，谁下地狱！”

1917年1月的北京，寒风萧瑟中，蔡元培奔赴北京大学任职。当天的报纸上是这样登载的：“大风雪中来此学界泰斗，如晦雾之时，忽睹一颗明星也。北京成新政新事，人们对改革之举充满期待。”蔡元培注定是要改写历史的。

蔡元培就任北京大学校长后，便按照西方国家近代的大学模式，对北京大学进行整顿和改革。到任后十个月，北京大学即成立了文、理、法三科研究所共九个，开国内大学设科研机构之先河。同时对教师队伍进行了大力整顿，对于那些没有真才实学的教师，他顶住压力坚决辞退。同时又广纳贤才，不问党派、信仰，只看学问，故而北大教授既有学富五车的旧式学究，又有学贯中西的新式学者，在短短几年时间内成为中国最知名的高等学府，开创了民国思想蓬勃发展的大热潮。

虽然期间蔡元培七次请辞，但并没有对北大的教务产生重大影响，这离不开他建立的治校体制和他助理校务的最佳搭档——总务长蒋梦麟。蔡元培将中外大学管理体制进行比较后认为，要使学校按既定方针办下去，不受校长一人去留的牵涉，就要建立起以诸教授为中心的教授治校体制，于是设立校评议会及聘任、财务、审计、图书、仪器、学生生活指导等各种专业委员会的制度。

蔡元培为改变旧北大的风气习惯，养成“人人见贤思齐，图自策励，以求不落人后”的良好风气，他亲自发起或支持组织了各种有益的学生社团，一时间北京大学社团、刊物百花争辉。学术探索和争鸣为这所最高学府注入了活力，焕发出生机。

蔡元培对学校听课制度也进行了改革，实行“课堂公开”，“不管有没有学籍，都可以来听课。” 1920年北大又进行大胆改革，开始招收女生，从此开启了中国大学教育男女同校之帷幕。

除了北大，蔡元培与故宫博物院之间也有着许多故事。民国成立后不久，他就提出应在故宫建立博物院，对公众开放。1925年10月，故宫博物院正式成立，蔡元培被选为故宫博物院临时董事会董事。1927年7月，奉系军阀张作霖入主北京，并于10月下旬接收了故宫博物院。在此期间，有人曾一度筹划拍卖故宫文物，遭到了蔡元培等人士的强烈反对。1928年10月，蔡元培成为故宫博物院的理事之一，他亲自参与制定了故宫博物院的组织管理条例，对故宫的职能进行了明确规定，使故宫博物院成为组织较为严密的近代文化机构。

1931年“九·一八”事变后，故宫博物院理事决定把院藏精品南迁。当时有人认为，社会动荡，南迁会造成文物失散，蔡元培认为故宫古物必须妥善保存，力主古物南迁。1934年4月，蔡元培被推举为故宫博物院理事长。此时，蔡元培年近七十，但他仍不顾个人安危，往返于宁沪两地。1936年，南京朝天宫保存库工程完工，故宫文物被迁至南京文物保存库。不久，随着战局的恶化，南迁文物西迁四川。

1940年，蔡元培在香港病逝，欠下千余元医药费，入殓的衣衾棺木都无钱置办，其清贫叫人落泪。但他生前费尽心血保护的故宫文物，最终得以保存。